Został zdekonspirowany i wydany Niemcom przez agentów gestapo działających w wywiadzie AK. Niemcy zatrzymali generała Roweckiego w Warszawie 30 czerwca 1943 roku i - kiedy odmówił współpracy - osadzili w obozie koncentracyjnym w Sachsenhausen. Rozkaz pozbawienia go życia wydał osobiście Heinrich Himmler na wieść o wybuchu Powstania Warszawskiego. Według powojennych ustaleń historyków, Stefan Rowecki został zamordowany w nocy z 1 na 2 sierpnia 1944 roku. Natomiast Instytut Pamięci Narodowej, w toku śledztwa zakończonego w 2007, ustalił datę śmierci na dni pomiędzy 2 a 7 sierpnia 1944 roku.

W czasie II wojny światowej Stefan Rowecki był obiektem szczególnego zainteresowania nazistów z uwagi na stanowiska, jakie zajmował w polskim ruchu oporu. Władze III Rzeszy umieściły go na pierwszym miejscu listy poszukiwanych Polaków. Do pracy konspiracyjnej Stefan Rowecki zgłosił się po kampanii wrześniowej, od czerwca 1940 pełnił funkcję komendanta głównego Związku Walki Zbrojnej. Scalił niemalże wszystkie środowiska niepodległościowe i zorganizował struktury podziemnego wojska. Zwieńczeniem starań generała było utworzenie jednolitej w skali kraju Armii Krajowej. Przewodził jej od lutego 1942 roku. Koordynował cały ruch oporu przeciw okupantom do dnia aresztowania w czerwcu 1943-go.

W 1995 roku pośmiertnie generał Rowecki "Grot" został uhonorowany najwyższym polskim odznaczeniem państwowym - Orderem Orła Białego.

Uchwałą Sejmu Rzeczpospolitej, rok 2004 był obchodzony jako Rok Generała Stefana Roweckiego.