W liście na uroczystości pogrzebowe, odczytanym przez ministra Wojciecha Kolarskiego, prezydent Andrzej Duda wyraził wielkie uznanie za służbę pułkownika w czasie Powstania Warszawskiego i podczas drugiej konspiracji antykomunistycznej. "Za akcje dywersyjne oraz przeciwstawianie reżimowej propagandzie był aresztowany przez aparat Urzędu Bezpieczeństwa i wieziony mimo prześladowań pozostał zawsze wierny ideałom i wartościom Polski walczącej" - napisał prezydent Duda.
Szef Urzędu do spraw Kombatantów i Osób Represjonowanych Jan Józef Kasprzyk dziękował pułkownikowi za jego życie pełne miłości do Polski i drugiego człowieka. "Pułkownik Nowakowski miał nadzieję, że przyszłe pokolenie poniesie Polskę w przyszłość" - zaznaczył minister Kasprzyk. I zadeklarował: "Panie pułkowniku, my Polskę pańskich marzeń, Polskę wolną, niepodległą i suwerenną poniesiemy w przyszłość, tak jak chciałeś tego ty, twoi koledzy i koleżanki, aby Polska niepodległa, którą dostaliśmy od ciebie i twojego pokolenia trwała wiecznie".
W czasie Powstania Warszawskiego Waldemar Nowakowski jako 11 - letni chłopiec był łącznikiem Armii Krajowej ze zgrupowania Waligóra. "Kontynuował misję swojego ojca"- podkreślał kuzyn pułkownika Kazimierz Krajewski, emerytowany pracownik IPN. "Jego ojciec był wybitnym zasłużonym oficerem narodowej organizacji wojskowej, potem Armii Krajowej, wyróżnił się w czasie walk powstańczych, o które i Waldemar się otarł jako nastolatek' - mówił Kazimierz Krajewski. Wspominał, że pułkownik Nowakowski uczestniczył w młodzieżowej organizacji niepodległościowej, za co zapłacił śledztwem i więzieniem w ciężkich warunkach.
Pułkownika Nowakowskiego jako gorliwego parafianina i patriotę, kolekcjonera militariów wspominał były proboszcz parafii na warszawskim Kole ksiądz Jan Sikorski. "Nie umiałem patrzeć na niego bez wzruszenia, to był człowiek tak oddany sprawie, Polsce, zwłaszcza Powstania Warszawskiego. Z wielką czcią zbierał pamiątki z Powstania, zrobił zresztą niezwykłe muzeum cennych pamiątek, artefaktów z Powstania"- mówił kapłan.
Pułkownik Waldemar Nowakowski wspierał także prace poszukiwań i ekshumacji na powązkowskiej "Łączce". Uczestniczył w uroczystościach organizowanych przez IPN.
Waldemar Jerzy Nowakowski urodził się 3 stycznia 1933 w Warszawie, mieszkał na terenie Cytadeli Warszawskiej, był synem majora Władysława Nowakowskiego dowódcy Zgrupowania "Żubr" na Żoliborzu. Po zakończeniu wojny pułkownik Nowakowski angażował się w konspirację antykomunistyczną.
Był współorganizatorem Harcerskiego Ruchu Oporu. Od 1948 roku należał do organizacji Wolność i Niezawisłość. Uczestniczył w akcjach dywersyjnych produkowania i rozlepiania ulotek o tematyce patriotycznej i antysowieckiej. Na początku 1949 brał udział w próbie wysadzenia pod Mińskiem Mazowieckiem pociągu kursującego pomiędzy Berlinem a Moskwą. Był dwukrotnie aresztowany przez funkcjonariuszy UB w 1951 i 1953 roku. Został skazany na jedenaście lat więzienia. Karę zamieniono na sześć lat pozbawienia wolności.
Współtworzył Związek Powstańców Warszawskich, a także Związek Byłych Więźniów Politycznych okresu Stalinowskiego, Warszawskiego Obwodu Zrzeszenia Wolność i Niezawisłość oraz Związku Młodocianych Więźniów Politycznych PRL "Jaworzniacy". Waldemar Nowakowski został uhonorowany Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem z Mieczami Orderu Krzyża Niepodległości, Krzyżem Armii Krajowej, Medalem Pro Bono Poloniae.