Ksiądz Zdzisław Peszkowski pełnił funkcję naczelnego kapelana Związku Harcerstwa Polskiego działającego poza granicami kraju oraz kapelana chorych Polonii. W 1999 roku został założycielem i prezesem Fundacji "Golgota Wschodu". Podkreślał, że należy dokonać rozliczenia z komunizmem dla oczyszczenia stosunków międzynarodowych. Apelował o międzynarodowy proces zbrodniarzy komunistycznych i domagał się procesu morderców katyńskich, osądzenia i potępienia sowieckiej zbrodni popełnionej na polskich jeńcach wojennych, a także uznanie jej za ludobójstwo.

Ksiądz prałat Peszkowski był przy pracach ekshumacyjnych ofiar zbrodni katyńskiej w Charkowie, Miednoje i Katyniu. Tak zwaną stułą katyńską dotykał szczątków Polaków, swoich kolegów, wydobytych z dołów śmierci, za których się modlił. Stuła ta, z wyhaftowanym obrazem Jezusa Miłosiernego oraz wizerunkiem Matki Bożej Katyńskiej, która dłońmi obejmuje głowę polskiego oficera zamordowanego strzałem w tył głowy, pozostała w Fundacji "Golgota Wschodu".

Przez wiele lat ksiądz Peszkowski spotykał się i współpracował z prymasem Stefanem Wyszyńskim, zarówno w sprawach dotyczących duszpasterstwa Polaków za granicą, jak i działalności Kościoła w kraju. Po uwolnieniu z internowania prymasa Stefana Wyszyńskiego w 1956 roku, ksiądz Peszkowski jako kapelan Polonii organizował pielgrzymki młodzieży ze Stanów Zjednoczonych do Polski. Ksiądz wydał między innymi publikację "Kromka chleba" - wybór myśli i aforyzmów z kazań i przemówień kardynała Wyszyńskiego oraz biografię "Ojciec. Wspomnienie o Stefanie kardynale Wyszyńskim, Prymasie Polski". Blisko związany z papieżem Janem Pawłem II, ksiądz Peszkowski w 1970 roku otrzymał godność prałata domowego Jego Świątobliwości.

Doktor filozofii, opublikował ponad sto prac z teologii, historii Polski, literatury i filozofii oraz książki, w tym "Wspomnienia jeńca z Kozielska", "Pamięć Golgoty Wschodu", "Zapiski wojenne z Iraku".

Był laureatem Nagrody im. Włodzimierza Pietrzaka, otrzymał też Medal Komisji Edukacji Narodowej. Kilka polskich miast, w tym Warszawa i Kraków, nadało mu honorowe obywatelstwo. Papieski Wydział Teologiczny w Warszawie (obecnie Akademia Katolicka w Warszawie) oraz Polski Uniwersytet na Obczyźnie w Londynie przyznały księdzu tytuły doktora honoris causa.

W 2006 roku Sejm Rzeczypospolitej przez aklamację poparł kandydaturę księdza Zdzisława Peszkowskiego do Pokojowej Nagrody Nobla.

Duchowny zmarł 8 października 2007 roku w Warszawie, w wieku 89 lat. W uroczystościach pogrzebowych wzięli udział między innymi prezydent Lech Kaczyński i ostatni prezydent RP na uchodźstwie Ryszard Kaczorowski. Ksiądz Zdzisław Peszkowski został pochowany w Panteonie Wielkich Polaków w krypcie Świątyni Opatrzności Bożej. Na inskrypcji nagrobnej umieszczono harcerskie pozdrowienie: "Czuwaj!".