28 września prezydent Warszawy Stefan Starzyński wygłosił ostatnie radiowe przemówienie. W mieście rozwieszono plakaty informujące o kapitulacji. Ze stroną niemiecką ustalono, że do niewoli pójdą tylko polscy oficerowie, żołnierze mieli zostać zwolnieni do domów. Ostatecznie do niewoli dostało się od 120 do 140 tysięcy polskich żołnierzy walczących w obronie stolicy.

Podczas całej kampanii wrześniowej w Warszawie poległo 2 tysiące żołnierzy, a rany odniosło 15 tysięcy. Straty ludności cywilnej wyniosły 10 tysięcy zabitych i 50 tysięcy rannych. Zniszczeniu uległo kilkanaście procent budynków, w tym Zamek Królewski. Dla stolicy zaczął się sześcioletni okres okupacji.

Prezydent Starzyński w odezwie do mieszkańców powiedział: "Bezmiar bohaterstwa i ofiary wykazała ludność stolicy. Historia oceni należycie to poświęcenie, które nakazało nam trwać na posterunkach do ostatka. (...) Niech żyje Polska i jej stolica - Warszawa!" Jeszcze w przeddzień kapitulacji, 27 września, w stolicy została powołana Służba Zwycięstwu Polski, pierwsza konspiracyjna organizacja niepodległościowa, która dała początek podziemnemu państwu. Istotną rolę w jego budowie odegrała Armia Krajowa, a także Rada Jedności Narodowej, czyli podziemny parlament oraz Delegatura Rządu na Kraj - naczelny organ władzy administracyjnej w okupowanej Polsce.

28 września, bezpośrednio po kapitulacji Warszawy, w zawartym w Moskwie pakcie o granicach i przyjaźni, nazywanym także II paktem Ribbentrop-Mołotow, III Rzesza i Związek Radziecki wytyczyły granicę niemiecko-sowiecką na okupowanym terytorium Polski. Obrona Warszawy była jednym z wielu przejawów bohaterstwa żołnierzy i ludności cywilnej podczas kampanii wrześniowej 1939 roku. Stała się symbolem męczeństwa miasta i jego mieszkańców. Stolica była punktem oporu o znaczeniu strategicznym i psychologicznym. Niemcom zależało na jak najszybszym jej zdobyciu.

(więcej)

Obroną Warszawy kierowali generałowie Walerian Czuma i Juliusz Rómmel, który objął dowództwo nad Armią Warszawa, a także prezydent Stefan Starzyński, powołany na komisarza cywilnego obrony stolicy. Wcześniej odmówił ewakuacji wraz z rządem i został w mieście. Zagrzewał on do walki formacje ochotnicze, a pośrednio i wojsko, które słuchało jego przemówień. Do walki o Warszawę stanęła, oprócz wojska, ludność cywilna. 9 września pułkownik Marian Porwit został mianowany dowódcą Odcinka Zachodniego Obrony Warszawy, a od 14 września odcinkiem obrony Warszawa-Wschód "Praga" dowodził generał Juliusz Zulauf.

Od 8 do 9 września od strony dzielnic Ochoty i Woli rozpoczął się atak wojsk niemieckich na Warszawę, które próbowały zdobyć stolicę z zaskoczenia, siłami dwóch jednostek - 1. i 4. Dywizji Pancernej. Atak 4. Dywizji Pancernej Wehrmachtu na Ochotę i Wolę został powstrzymany przez obrońców. 8 września z cofających się przed Niemcami oddziałów polskich powstała Armia Warszawa.

Od 13 do 15 września stolica została całkowicie okrążona przez wroga. Wódz III Rzeszy obserwował broniące się miasto z wieży kościoła sióstr felicjanek w Marysinie Wawerskim. W kolejnych dniach garnizon warszawski wzmocnili żołnierze Armii Poznań i Armii Pomorze, które pod dowództwem generała Tadeusza Kutrzeby przedarły się do Warszawy z rejonu Bzury przez Puszczę Kampinoską, tocząc zażarte walki na przedpolu miasta.

Po agresji Związku Radzieckiego na Polskę 17 września 1939 roku, przebywający pod Warszawą Adolf Hitler wydał rozkaz ostrzału artyleryjskiego Zamku Królewskiego, by zmusić stolicę do natychmiastowej kapitulacji.

25 września Luftwaffe przeprowadziło nalot dywanowy na Warszawę. Zginęło wówczas około 10 tysięcy mieszkańców, a ponad 30 tysięcy zostało rannych. 12 procent zabudowy miejskiej uległo zniszczeniu.

Ataki te były wstępem do generalnego szturmu, który nastąpił 26 września. Oddziały niemieckie przeprowadziły natarcie, które jednak nie przyniosło większych sukcesów. Następnego dnia, wobec braku prądu, żywności i wody pitnej oraz tragicznej sytuacji ludności cywilnej, zapadła decyzja o wstrzymaniu walk. Akt kapitulacji stolicy podpisano 28 września 1939 roku.