Jako męczennik za wiarę, został ogłoszony błogosławionym w 2010 roku, po trwającym 13 lat procesie beatyfikacyjnym. Obecnie trwa jego proces kanonizacyjny.

Msze za Ojczyznę odprawiane przez księdza Jerzego w kościele św. Stanisława Kostki w Warszawie gromadziły tysiące ludzi. W homiliach kapłan otwarcie mówił o obronie ideałów "Solidarności", a także o sprzeciwie wobec przemocy. Publicznie krytykował nadużycia komunistycznej władzy. Przestrzegał jednocześnie przed nienawiścią do funkcjonariuszy systemu, głosząc zasadę "zło dobrem zwyciężaj".

Był wielokrotnie inwigilowany i szykanowany przez SB, która dopuszczała się wobec niego licznych prowokacji. 19 października 1984 roku funkcjonariusze bezpieki uprowadzili i zamordowali księdza Jerzego, gdy wracał do Warszawy po mszy odprawionej w parafii św. Polskich Braci Męczenników w Bydgoszczy. Oprawcy brutalnie pobili kapłana, a następnie ciało wrzucili do Wisły na tamie koło Włocławka. Pogrzeb księdza zgromadził około 800 tysięcy ludzi i przerodził się w manifestację przeciw komunistycznej władzy.

W 2009 roku kapłan został pośmiertnie odznaczony przez prezydenta Lecha Kaczyńskiego Orderem Orła Białego. Rok później, 6 czerwca 2010 roku, na placu Piłsudskiego w Warszawie została odprawiona uroczysta msza beatyfikacyjna księdza Jerzego Popiełuszki. Przewodniczył jej arcybiskup Angelo Amato, prefekt Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych (od 2022 Dykasteria Spraw Kanonizacyjnych).

W imieniu papieża Benedykta XVI odczytał akt beatyfikacyjny. W uroczystości wzięło udział około 140 tysięcy osób. Następnie ulicami Warszawy do Świątyni Opatrzności Bożej Proces kanonizacyjny księdza Popiełuszki rozpoczął się w 2014 roku w Creteil we Francji, gdyż tam w 2012 roku miało dojść do cudu za jego wstawiennictwem.

Rok później biskup Creteil Michel Santier poinformował, że procedura badania niedającego się wyjaśnić naukowo uleczenia śmiertelnie chorego na białaczkę Françoisa Audelana za wstawiennictwem błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki zakończyła się pozytywnym skutkiem. Akta zgromadzone podczas etapu diecezjalnego procesu zostały przekazane do watykańskiej Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych.

Do dziś nie wiadomo, kto podjął decyzję o zabiciu księdza Popiełuszki. Skazani za zabójstwo kapłana: Grzegorz Piotrowski, Adam Pietruszka, Leszek Pękala i Waldemar Chmielewski opuścili już dawno więzienia. Ich procesy nie ujawniły wszystkich okoliczności i inspiratorów zbrodni, podobnie jak proces Władysława Ciastonia i Zenona Płatka. W 1994 roku obaj generałowie zostali uniewinnieni z zarzutu sprawstwa kierowniczego. W rocznicę śmierci błogosławionego księdza Jerzego Popiełuszki - 19 października - jest obchodzony Narodowy Dzień Pamięci Duchownych Niezłomnych, ustanowiony przez Sejm 4 października 2018 roku.