Struktura organizacji dzieliła się na trzy grupy wiekowe: najmłodsi byli Zawiszacy - w wieku od 12 do 15 lat, starsi chłopcy - od 15 do 17 lat - należeli do Szkół Bojowych, zaś młodzi powyżej 18. roku życia tworzyli Grupy Szturmowe.
Zawiszacy byli przygotowywani do pełnienia służby łącznościowej, przekazywali między innymi osobom cywilnym informacje o bliskich. Do zadań starszych harcerzy ze Szkół Bojowych należał głównie mały sabotaż, czyli działania mające wzmocnić psychicznie Polaków, między innymi: ściąganie hitlerowskich flag, malowanie na murach napisów ośmieszających Niemców, rysowanie znaku Polski Walczącej.
Tylko najstarsi członkowie Szarych Szeregów z Grup Szturmowych byli dopuszczeni do walki z bronią w ręku. W 1943 roku wyodrębniono z nich batalion "Zośka", który został tak nazwany na cześć Tadeusza Zawadzkiego - dowódcy warszawskich Grup Szturmowych, poległego w sierpniu 1943 roku, podczas ataku na niemiecką strażnicę w Sieczychach koło Wyszkowa.
Grupy Szturmowe Szarych Szeregów oraz wyłonione z nich bataliony należały do najbardziej zasłużonych jednostek Armii Krajowej. Miały na koncie liczne akcje bojowe i dywersyjne, wśród nich: akcję pod Arsenałem, w której z rąk gestapo zostali odbici polscy więźniowie, w tym Jan Bytnar "Rudy", akcję odbicia więźniów z transportu do Auschwitz pod Celestynowem i akcję Taśma, kiedy w Sieczychach zlikwidowano strażnice graniczne. W czasie Powstania Warszawskiego harcerze z Szarych Szeregów walczyli na Woli, Starym Mieście i Czerniakowie. Straty niektórych oddziałów sięgnęły 80 procent ludzi. Członków Szarych Szeregów obowiązywały zasady zawarte w przedwojennym Prawie i Przyrzeczeniu Harcerskim. W związku z nietypową sytuacją, w jakiej przyszło działać młodym ludziom, do roty przyrzeczenia dodano następujące słowa: "Ślubuję na Twoje ręce pełnić służbę w Szarych Szeregach, tajemnic organizacyjnych dochować, do rozkazów służbowych się stosować, nie cofnąć się przed ofiarą życia".
Szare Szeregi zostały rozwiązane 17 stycznia 1945 roku.
(więcej)
Pierwszym naczelnikiem Szarych Szeregów został Florian Marciniak, pseudonim "Nowak". Funkcję sprawował do momentu aresztowania przez gestapo 6 maja 1943 roku. Jego następcą był Stanisław Broniewski "Orsza", pełniący obowiązki do 3 października 1944 roku. Ostatni naczelnik Szarych Szeregów - Leon Marszałek - 17 stycznia 1945 roku wydał rozkaz o rozwiązaniu organizacji.
Schemat organizacyjny Szarych Szeregów wyglądał tak samo, jak przed wojną, jednak poszczególne jednostki przyjęły nazwy konspiracyjne. Chorągwie to były "ule", hufce - "roje", drużyny - "rodziny", a zastępy to "pszczoły".
W obliczu nowych zadań władze konspiracyjnego harcerstwa postanowiły, że podstawowym i głównym celem będzie wychowanie poprzez walkę. "Celem harcerstwa nie była ilość namalowanych na murze kotwic czy zabitych Niemców. Walka o dusze, praca wychowawcza, budowanie człowieka i ludzi - to było sedno sprawy i istotna przyczyna tego, czym stało się harcerstwo w życiu polskim przez lata wojny" - mówił Stanisław Broniewski "Orsza".
Szare Szeregi realizowały program "Dziś - Jutro - Pojutrze". "Dziś" oznaczało okres konspiracji i przygotowanie do powstania, "Jutro" - otwartą walkę zbrojną z okupantem i powstanie, "Pojutrze" - pracę w wolnej Polsce. Organizacja harcerzy prowadziła też akcję "M", usiłując oddziaływać na młodzież niezorganizowaną. Wydawała wiele pism, w tym: "Źródło", "Dęby", "Drogowskaz", "Pismo Młodych", "Brzask", a także liczne broszury i książki. Wyszkoliła około 300 instruktorów.
Po zakończeniu wojny część harcerzy z Szarych Szeregów próbowała ponownie wdrożyć się do pracy, jednak nie było to możliwe w komunistycznej Polsce. W wigilię 1948 roku bezpieka aresztowała Jana Rodowicza "Anodę", bohatera akcji pod Arsenałem, który walczył w batalionie "Zośka". Po nim byli kolejni. Łącznie w latach 1948-1950 aresztowano 32 "zośkowców". Wielu członków batalionu poddano brutalnemu śledztwu. Zdarzało się, że celę dzielili z oprawcami niemieckimi. Oskarżani byli o działalność konspiracyjną, zmierzającą do obalenia ustroju komunistycznego. Zapadło wiele wyroków śmierci lub długoletniego więzienia. Ci, którzy nie zginęli z rąk bezpieki, często schorowani, opuszczali mury więzień po październikowej odwilży w 1956 roku. "Anoda" zginął w niewyjaśnionych do dziś okolicznościach w czasie brutalnego śledztwa. Według UB,wyskoczył z czwartego piętra budynku Ministerstwa Bezpieczeństwa Publicznego, ale wiele przemawia za tym, że został zamordowany