W uroczystości uczestniczyły setki wiernych i księży, a także biskupi z metropolii górnośląskiej, a także diecezji legnickiej i częstochowskiej. Ceremoniom przewodniczył ordynariusz opolski, biskup Andrzej Czaja, a homilię wygłosił biskup gliwicki, Jan Kopiec, wieloletni współpracownik zmarłego.

- Mamy Panu Bogu za kogo dziękować. Tak wiele dobrego dzieła jest z serca, myśli i czynu biskupa Jana pośród nas. Chciejmy też dziś prosić by dalej to co czynił, co przekazał, co nam zostawił pięknie owocowało - powiedział w słowie wstępnym bp Andrzej Czaja.

- Dzisiaj chciałoby się powiedzieć: Szczęśliwy, kto potrafi pożytecznie przemierzać świat i służyć temu światu jak zmarły biskup Jan. Przekazuję tobie na pożegnanie znak pokoju, który zadzierzgnąłeś w naszych sercach. Pomagasz nam nieustannie budować ten właściwy gmach wiary, że warto wiele przeżyć na wskazanych przez Jezusa Chrystusa, naszego zbawiciela szlakach tej ziemi - wspominał w homilii bp Jan Kopiec.

Podczas uroczystości odczytano także telegram kondolencyjny wystosowany przez papieża Franciszka oraz fragmenty testamentu biskupa Bagińskiego.

Hierarcha został pochowany obok kościoła pw. św. Piotra i Pawła w Opolu, czyli parafii, w której się wychowywał po tym jak wraz z rodziną zbiegł z rodzinnej miejscowości, dzięki czemu uratował się przed napadem banderowców w ramach rzezi wołyńskiej.