Michał Markuszewski jest laureatem m.in. II nagrody w konkursie Polskiej Muzyki Organowej XX w. w Legnicy (1998), I nagrody na Międzynarodowym Konkursie Muzyki Organowej w Rumii (2000) i wyróżnienia za najlepsze wykonanie utworów Jana Sebastiana Bacha oraz nagrody prezydenta miasta Gdańsk. Wystąpił z ponad 700 recitalami w prestiżowych salach koncertowych oraz na kilkudziesięciu międzynarodowych festiwalach w Polsce i zagranicą. Dwie jego płyty nominowane były do nagrody Fryderyk.