23 września 1944 r. Niemcy powiesili na zapleczu magazynu przy ulicy Solec (podobno na jego kapłańskiej stule) bł. ks. Józefa Stanka pseudonim "Rudy". Szubienicą była wystająca z muru żelazna belka. Zamordowano go na oczach ludności cywilnej opuszczającej płonącą Warszawę, którą Niemcy pędzili do niewoli, obozów koncentracyjnych i obozów zagłady.
W 78. rocznicę tego wydarzenia, metropolita warszawski kard. Kazimierz Nycz o godz. 18.00, w kościele Matki Bożej Częstochowskiej na Powiślu odprawi mszę św. za wstawiennictwem bł. ks. Józefa Stanka w intencji powstańców poległych na Powiślu w 1944 roku i pobłogosławi ławeczkę memoratywną, ufundowaną przez Instytut Pamięci Narodowej, dedykowaną kapelanowi Powstania Warszawskiego - poinformowało biuro prasowe archidiecezji warszawskiej.
Tego samego dnia w parafii pw. św. Wincentego Pallottiego w Warszawie, gdzie znajdują się relikwie błogosławionego ks. Józefa Stanka mszy św. o godz. 18.00 będzie przewodniczył bp Romuald Kamiński. Uroczystość uświetni Chór Wojska Polskiego - poinformowali księża pallotyni.
W czasie Powstania Warszawskiego pallotyn, ks. Józef Stanek pseudonim "Rudy" był kapelanem Zgrupowania AK "Kryska", które walczyło w okolicy ul. Czerniakowskiej na Powiślu. Odprawiał msze św. polowe i spowiadał, odwiedzał polowe szpitale, niosąc duchową pomoc i nadzieję walczącym i rannym. Nosił rannych, docierając do najbardziej wysuniętych pozycji powstańczych. Pomagał walczącym żołnierzom i ludności cywilnej odkopywać zasypanych.
Mimo że miał możliwość uratowania życia, przeprawiając się pontonem na drugi brzeg Wisły, nie skorzystał z propozycji. Chciał dzielić los żołnierzy i ludności cywilnej, która została na lewym brzegu rzeki.
23 września 1944 r. Niemcy wysłali na tereny bronione przez "Kryskę" parlamentariuszy (przedstawicieli ludności cywilnej) z wezwaniem do poddania się i całkowitej kapitulacji. W pertraktacjach wziął udział ks. Józef Stanek "Rudy". Jednak rozmowy nie dały rezultatów. Powstańcy nie przyjęli niemieckich warunków i ks. Józef Stanek został zatrzymany przez Niemców, jako zakładnik.
Nie chcąc, aby broń dostała się w ręce hitlerowców i służyła zabijaniu Polaków, duchowny polecił powstańcom, na własną odpowiedzialność, niszczyć broń przed poddaniem się. Każdego schwytanego powstańca z bronią w ręku Niemcy rozstrzeliwali.
Został powieszony na zapleczu magazynu przy ulicy Solec. W 1945 r. jego szczątki ekshumowano i złożono w zbiorowej mogile przy ul. Solec w Warszawie (ogółem, w dwóch mogiłach, pochowano 278 pomordowanych). Rok później przeniesiono je na Powązki. W kieszeni jego sutanny znajdował się kapłański brewiarz. W 1987 r. jego szczątki spoczęły w kwaterze zgrupowania AK "Kryska" na tym cmentarzu.
Beatyfikacji ks. Józefa Stanka dokonał 13 czerwca 1999 r. w Warszawie papież Jan Paweł II. Zakonnik znalazł się w grupie 108 polskich męczenników za wiarę.
W 2000 r. relikwie bł. ks. Józefa Stanka zostały przeniesione do dolnego kościoła Chrystusa Króla w parafii pw. św. Wincentego Pallottiego w Warszawie. Cztery lata później ks. Józefa ustanowiono patronem kaplicy w nowo otwartym Muzeum Powstania Warszawskiego.