Niemcy po pokonaniu Polski w 1939 r. wcielili część jej ziem do Rzeszy. Taki los spotkał m.in. Wadowice. Z przeprowadzonego pod koniec tegoż roku spisu wynikało, iż mieszkało tam ok. 1,6 tys. Żydów.


Anna Ziarkowska w publikacji poświęconej wadowickiemu gettu, napisała, że okupacja oznaczała dla Żydów szykany. Właścicielom odbierano sklepy i przedsiębiorstwa. Musieli znakować ubrania, aby odróżnić się od innych mieszkańców. Niemcy zabronili im poruszania się po głównych ulicach i rynku. Nie wolno było im chodzić do kina, restauracji i wchodzić do parku.


W październiku 1939 r. Niemcy spalili synagogę. Większość wadowickich Żydów została zmuszona do prac przy regulacji rzeki Skawy. Młodzi zostali wysłani do obozów pracy.


Niemcy spośród Żydów cieszących się autorytetem wśród swojej społeczności stworzyli Judenrat, który był odpowiedzialny za planowe i terminowe wykonywanie poleceń władz. Chodziło m.in. o dostarczanie kontyngentów na roboty przymusowe i do obozów, a także wywiązywanie się z kontrybucji. Wadowicki Judenrat podlegał centrali w Sosnowcu.


„W pierwszym okresie działalności Judenrat wadowicki, podobnie jak wiele innych, przyjął strategię ocalenia przez pracę. Żydzi zdawali sobie sprawę, że aby ocaleć muszą w jakiś sposób usprawiedliwić swój byt, pokazać swoją przydatność i niezbędność dla okupanta” – pisała Ziarkowska.


Historyk wskazywała, że do 2 lipca 1942 r. wadowiccy Żydzi żyli iluzjami, iż praca oddali widmo zagłady. „Kres im położyła akcja wysiedleńcza, która nastąpiła według sporządzonych uprzednio list. Przed akcją spędzono do Wadowic ludność żydowską Kęt, Suchej i Zatoru oraz pobliskich wiosek. Wszyscy Żydzi zostali zapędzeni pod eskortą policji żydowskiej do koszar Chocimskich, gdzie nastąpiła selekcja. Zdolni do pracy pozostali w nim lub trafili do obozu pracy w Sosnowcu. Starcy, osoby kalekie i dzieci zostali zgładzeni w obozie w Bełżcu” – napisała.


Ci, którzy pozostali w Wadowicach, zostali zamknięci w getcie, które zostało utworzone w pobliżu rynku głównego. Jego obszar otoczony został przez Niemców murem z drutem kolczastym. Na niewielkiej powierzchni stłoczonych zostało ok. 1,4 tys. osób. Na jeden pokój przypadało ok. 20 osób. Żydzi zmuszeni byli wprowadzić zmiany. Gdy połowa z nich pracowała, reszta mogła spać. Panowały fatalne warunki sanitarne. Żydzi pracowali w zorganizowanym w Wadowicach zakładzie krawieckim.


Selekcja z 2 lipca 1942 r. nie była ostatnią. „10 maja 1943 r. wywieziono na roboty przymusowe do Niemiec 100 dziewcząt żydowskich. (…) W tym czasie nadchodziły do Wadowic informacje o likwidacji gett w sąsiednich miastach: Chrzanowie, Sosnowcu i Będzinie. Wiele osób desperacko poszukiwało dróg ratunku dla siebie i swoich bliskich” - wspomniała Anna Ziarkowska. W okresie istnienia getta zbiegło i przeżyło 11 osób.


Getto zostało zlikwidowane 10 sierpnia 1943 r. Niemcy wywoływali po nazwisku Żydów. Powiedzieli im, że zostaną przeniesieni do pracy w Oświęcimiu i dlatego powinni zabrać ze sobą wszelkie kosztowności. Zostali przewiezieni do obozu Auschwitz.


Spośród 40 osób ukrytych w getcie uratowało się kilkoro. Niektórzy zdołali uciec. Udało się to m.in. Zygmuntowi Ehrenhaltowi, który wiele lat po wojnie odwiedził Wadowice. Uratowali go Polacy: Aniela i Józef Kamińscy z Wadowic. W latach 80. odznaczeni zostali za ten czyn honorowym medalem "Sprawiedliwi wśród Narodów Świata".


Nieliczni Żydzi, którzy przeżyli wojnę, chcieli wrócić do Wadowic. Ostatecznie zdecydowali się jednak wyjechać. W Wadowicach pozostał tylko jeden Żyd - Jakub Szancer.


Pierwszym Żydem, który zamieszkał w Wadowicach, był powstaniec styczniowy Baruch Thieberg. Sprowadził się do miasta w 1867 r. Wcześniej w Wadowicach obowiązywał zakaz osiedlania się Żydów, wydany jeszcze przez królów polskich.


Później osiedlali się tam Żydzi postępowi z kręgu kultury niemieckiej, a także chasydzi. W 1882 r. wadowicka Gmina Żydowska kupiła parcelę, na której powstał cmentarz i dom przedpogrzebowy. W latach 1885-1889 wznieśli synagogę. Tuż przed II wojną światową w 10,5-tys. Wadowicach mieszkało ok. 2,5 tys. Żydów. Większość z nich trudniła się handlem.


Do dzisiejszych czasów w Wadowicach zachowało się niewiele pamiątek po Żydach. Nadal stoi budynek, w którym mieściła się rytualna łaźnia. W rynku stoi kamienica zamożnego kupca żydowskiego Chaima Bałamutha, w której urodził się Karol Wojtyła. Obecnie jest siedzibą Muzeum Domu Rodzinnego Jana Pawła II. Istnieje także kirkut.