Naczelne dowództwo nad wojskiem sprawował Stanisław August; frontem ukraińskim dowodził ks. Józef Poniatowski, a wojskami na Litwie ks. Ludwik Wirtemberski (po odkryciu jego zdrady zastąpił go gen. Józef Judycki).
Wobec nie udzielenia militarnej pomocy przez Prusy, z którymi w 1790 r. Rzeczpospolita zawarła układ sojuszniczy, celem wojsk polskich było opóźnianie pochodu armii rosyjskiej w kierunku Warszawy. Do większych bitew doszło w czerwcu pod Mirem i pod Zieleńcami (na pamiątkę zwycięstwa król ustanowił Order Virtuti Militari). W lipcu Polacy stoczyli z czterokrotnie większymi siłami rosyjskimi ciężki, nierozstrzygnięty bój pod Dubienką. W walkach wsławił się bohater amerykańskiej wojny o niepodległość Tadeusz Kościuszko.
Od 19 czerwca, na mocy decyzji Straży Praw, Stanisław August prowadził negocjacje w sprawie przerwania działań zbrojnych z Rosją za pośrednictwem Bułkahowa, który – pomimo wojny – nie opuścił polskiej stolicy. Król „zdecydowany był szukać kompromisu z Katarzyną II, łudząc się, że osiągnie się go sprawą następstwa tronu polskiego dla jej wnuka, Konstantego” – wyjaśniał Jerzy Michalski („Stanisław August Poniatowski”).
W sytuacji wojskowej przewagi Rosjan, ponaglany przez carycę, Stanisław August uznał dalszy opór za bezcelowy. 23 lipca przedstawił rosyjskie ultimatum na naradzie Straży Praw zwołanej na Zamku Królewskim. Za jego przyjęciem opowiedziało się siedem osób. Był wśród nich podkanclerzy koronny Hugon Kołłątaj, który ponaglał króla: „Dziś jeszcze, Miłościwy Panie, przystąpić potrzeba do konfederacji targowickiej, nie jutro; każdy moment jest drogi, bo krew Polaków go oblewa”. Pięciu uczestników zebrania, w tym m.in. marszałek sejmu Stanisław Małachowski i Kazimierz Nestor Sapieha głosowało za kontynuowaniem wojny.