Była to zaplanowana zbrodnia. Aresztowania przeprowadzano w większości na podstawie przygotowanych wcześniej list proskrypcyjnych. Przyszłe ofiary zatrzymywano w domach, na ulicach czy w miejscach pracy. Zginęła prawie połowa kapłanów ówczesnej diecezji pelplińskiej, blisko 200 nauczycieli, a także rolnicy, kupcy, rzemieślnicy i urzędnicy. Las Szpęgawski stał się też miejscem straceń blisko 1700 pacjentów szpitali psychiatrycznych. Wszystkie egzekucje odbywały się potajemnie, a rodziny zamordowanych informowano, że bliscy wyjechali bądź ich los nie jest znany władzom niemieckim. Do tej pory z imienia i nazwiska zidentyfikowano około 2400 zamordowanych osób.

W 1944 roku, wobec zbliżającego się frontu i wojsk radzieckich, Niemcy zatarli ślady zbrodni. Przywieźli więźniów z obozu w Stutthof, a następnie zmusili ich do wykopania i spalenia większości ciał. Potem więźniowie ci zostali straceni. Po zakończeniu II wojny światowej w Lesie Szpęgawskim przeprowadzono ekshumacje i odkryto 32 zbiorowe mogiły.

Las Szpęgawski jest, obok Piaśnicy pod Wejherowem i Mniszka pod Świeciem, największym cmentarzem, gdzie spoczywają ofiary zbrodni niemieckich na Pomorzu. Ludobójstwo to określa się mianem "zbrodni pomorskiej 1939". Według szacunków historyków w sumie w pierwszych miesiącach działań wojennych na tych terenach wymordowano ponad 30 tysięcy osób. Była to pierwsza po wybuchu II wojny światowej tak wielka niemiecka akcja eksterminacyjna wymierzona w polską ludność cywilną. Uchwałą Sejmu Rzeczpospolitej, 2 października jest obchodzony Narodowy Dzień Pamięci Ofiar Niemieckiej Zbrodni Pomorskiej 1939 roku. Święto zostało ustanowione 13 stycznia 2023.

(więcej)

W 1939 roku Pomorze zostało przyłączone do III Rzeszy. Władze okupacyjne bezwzględnie niszczyły wszelkie przejawy polskości. Już w trakcie wojny obronnej na Kaszubach i Pomorzu Gdańskim Niemcy mordowali mieszkańców Wybrzeża, najczęściej w odwecie za rzekome prześladowania volksdeutschów.

Wykonawcami tych zbrodni byli funkcjonariusze SS oraz członkowie paramilitarnego Selbstschutzu, formacji o charakterze policyjnym utworzonej przez Niemców na okupowanych ziemiach polskich. Zabijali ze szczególnym okrucieństwem, najczęściej strzałem w tył głowy. Według ustaleń historyków od 25 do 30 procent ofiar zostało zamordowanych w tzw. dołach śmierci za pomocą kolb karabinów i łopat. Zdarzało się niejednokrotnie, że rannych grzebano w grobach bez dobijania.

Według relacji SS-Unterscharführera Pawła Drewsa, przywódcy starogardzkiego Selbstschutzu, na ogół skazańcy umierając zachowali tak godną postawę, że trzeba było to podziwiać. Niektórzy żegnali się z życiem ze słowami na ustach "Jeszcze Polska nie zginęła ...".

Tylko nieliczni sprawcy zbrodni w Lesie Szpęgawskim po wojnie ponieśli odpowiedzialność. Między innymi Albert Forster, wysoki rangą funkcjonariusz NSDAP i namiestnik Okręgu Rzeszy Gdańsk-Prusy Zachodnie, który w 1948 roku został skazany przez Najwyższy Trybunał Narodowy w Gdańsku na karę śmierci. Wyrok wykonano w 1952 roku w więzieniu mokotowskim w Warszawie. Także karę śmierci zasądzono i wykonano w 1951 roku na Richardzie Hildebrandcie, wyższym dowódcy policji i SS. Z kolei członkowie Selbstschutzu - Jan Szweda z Miłobądza i Weizner z Widlic mocą wyroku sądowego zostali straceni w Tczewie, przez powieszenie 6 września 1947 roku.