Sebastian von Rostock urodził się 24 sierpnia 1607 roku w Grodkowie w rodzinie szewca Sebastiana von Rostock. Po śmierci ojca matka odprowadziła go do sierocińca w Nysie. Tam też skończył parafialne gimnazjum i stamtąd w roku 1627 wyjechał na studia teologiczne do Ołomuńca, gdzie przebywał do roku 1633. Święcenia kapłańskie przyjął 26 marca 1633 roku.
Przez dwa kolejne lata pracował jako wikary w Nysie. W roku 1635 został proboszczem i dziekanem oraz rektorem nyskiego seminarium duchownego, a równocześnie kanonikiem kolegiaty Świętego Krzyża w Opolu.W tym samym czasie otrzymał też funkcję kanonika kolegiaty św. Jakuba w Nysie i kapituły katedralnej we Wrocławiu.
W roku 1645 cesarz Ferdynand III w uznaniu zasług oddanych monarchii w toku wojny 30-letniej nadał księdzu Sebastianowi tytuł szlachecki. Ułatwiło to drogę do dalszych awansów w strukturach kościelnych.
21 kwietnia 1664 roku kapituła katedralna wybrała go biskupem wrocławskim, a wkrótce został też mianowany starostą generalnym Śląska. Okres sprawowania przez niego funkcji biskupa to czas odnowy moralnej śląskiego duchowieństwa, na co kładł szczególny nacisk.
Przywiązując wielką wagę do kształcenia duchowieństwa ufundował stypendium dla 12 alumnów nyskiego seminarium nie posiadających pieniędzy na naukę. Za jego sprawą diecezja odzyskała też z rąk protestantów wiele kościołów. Najbardziej lubił przebywać w Nysie, w której spędził dzieciństwo, jednakże pochowano go we wrocławskiej katedrze.
Biskup Sebastian von Rostock zmarł 9 czerwca 1671 roku we Wrocławiu.
