Zilustrował około 300 książek. Najznakomitsze z nich to: "O krasnoludkach i sierotce Marysi", "Akademia pana Kleksa", "Brzechwa dzieciom", "Pinokio", "Baśnie Andersena" oraz "Lokomotywa". Jest też autorem cyklu rysunków do "Pana Tadeusza". Na ilustracjach Szancera wychowało się kilka pokoleń czytelników, którzy poznawali "Misia Paddingtona", "Awanturę o Basię" czy "Przygody Tomka Sawyera".

Pozostawił po sobie nie tylko ilustracje do książek Jana Brzechwy, którego był współpracownikiem i przyjacielem, ale także do bajek Ignacego Krasickiego, utworów Marii Konopnickiej, "Trylogii" Henryka Sienkiewicza. Był pierwszym szefem artystycznym Telewizji Polskiej oraz współtwórcą tygodników dla dzieci - "Przygoda" i "Świerszczyk". Pisał bajki i felietony, zaistniał również jako scenarzysta i reżyser filmu dokumentalnego "Teatr mój widzę ogromny", poświęconego teatrowi wojennemu.

W bogatym dorobku artystycznym Szancera są projekty ponad 500 pocztówek, 60 scenografii, 20 plakatów, a także serie znaczków pocztowych, ekslibrisy i obrazy olejne. Wraz z Janem Brzechwą stworzył cykl trzech książek o charakterze komiksu z Panem Soczewką - bohaterem wszystkich części. Były to: "Pan Soczewka w puszczy", "Pan Soczewka na dnie oceanu" oraz "Pan Soczewka na Księżycu".

Artysta został odznaczony między innymi w 1960 Srebrnym Medalem w Lipsku za "Baśnie Andersena", Złotym Medalem na XII Triennale w Mediolanie za "Lokomotywę" Tuwima w tym samym roku oraz nagrodą francuskich wydawców za "Dom pod kasztanami" w 1971 roku.

Jan Marcin Szancer zmarł 21 marca 1973 roku. Został pochowany na Wojskowych Powązkach w Warszawie.

Jest patronem kilku szkół w Polsce, jego imieniem nazwano też ulice w miastach, między innymi w Łodzi i warszawskim Ursusie.