Następne wywózki Sowieci przeprowadzili w kwietniu i na przełomie czerwca i lipca 1940 roku oraz na przełomie maja i czerwca 1941-go. Ich celem była depolonizacja Kresów Wschodnich i sowietyzacja ludności mieszkającej na terenach zagarniętych Polsce we wrześniu 1939 roku.

Pierwsza masowa deportacja zorganizowana przez NKWD odbyła się w warunkach, które dla wielu okazały się wyrokiem śmierci. Temperatura dochodziła do minus 40 stopni. Wywożonym dawano na spakowanie się od kilkunastu do kilkudziesięciu minut, a czasem nie pozwalano zabrać ze sobą niczego.

Ludzi przewożono w wagonach towarowych z zakratowanymi oknami. Podróż na miejsce zsyłki trwała niekiedy nawet kilka tygodni. Warunki panujące w czasie transportu były przerażające, wiele osób umierało z zimna, głodu i wyczerpania. Po dotarciu na miejsce zesłańców czekała niewolnicza praca i nędza.

Według historyków, co trzecia deportowana osoba zmarła z głodu i wycieńczenia. Badacze zajmujący się zbrodniami stalinowskimi nazwali nieogrzewane wagony bydlęce, którymi wywożono Polaków, "białymi krematoriami". Jadący nimi ludzie umierali wskutek chorób i głodu, zamarzali na śmierć.

W pierwszej wywózce na Sybir deportowano około 140 tysięcy obywateli Rzeczpospolitej. Wśród nich najwięcej było Polaków - ponad 70 procent, pozostali to osoby narodowości ukraińskiej i białoruskiej.

Według szacunków władz RP na emigracji, w wyniku deportacji w latach 1940-1941 do syberyjskich łagrów trafiło około miliona osób cywilnych. Dane z dokumentów sowieckich to 320 tysięcy wywiezionych. Historycy z Instytutu Pamięci Narodowej oceniają liczbę deportowanych na 800 tysięcy osób. Badający te zagadnienia podkreślają, że dokumenty NKWD nie uwzględniają osób skazanych w trybie doraźnym oraz tych, którzy nie zostali zarejestrowani. Według szacunków, co trzeci deportowany nie przeżył zesłania.

Niektórzy z deportowanych na wschód wydostali się z łagrów, dzięki formowanej na terenie ZSRR armii generała Władysława Andersa, po zawarciu 30 lipca 1941 roku układu Sikorski-Majski.