Aleksander Chodkiewicz podczas insurekcji kościuszkowskiej w 1794 roku został mianowany przez Tadeusza Kościuszkę majorem gwardii narodowej. Po upadku powstania wystąpił z wojska i osiadł na Wołyniu. Poświęcił się pracy naukowej i literackiej.

W 1809 roku uczestniczył w wojnie polsko-austriackiej, która była częścią wojny napoleońskiej Francji z V koalicją (między innymi Zjednoczone Królestwo Wielkiej Brytanii i Irlandii i Cesarstwo Austriackie). Organizował tajną działalność patriotyczną na Wołyniu. Po zajęciu Wilna przez Napoleona został członkiem Komitetu Siły Zbrojnej przy Rządzie Tymczasowym. Mianowany pułkownikiem, wystawił własny pułk piechoty.

Był też adiutantem generała Józefa Kossakowskiego. Pod koniec 1812 roku otrzymał rozkaz wyjazdu do Warszawy. Przez niemal rok przebywał w oblężonej przez Rosjan twierdzy modlińskiej. Po złożeniu kapitulacji przez dowodzącego obroną generała Hermana Willema Daendelsa nie podpisał jej i dostał się do niewoli rosyjskiej. W grudniu 1818 roku został zwolniony na własną prośbę ze służby, w stopniu generała brygady.

Jako senator-kasztelan podczas wystąpienia w Senacie 4 października 1819 roku ostro wystąpił przeciwko polityce gubernatora Królestwa Polskiego, wielkiego księcia Konstantego Romanowa, za co został pozbawiony godności senatorskiej. W lutym 1826, z rozkazu księcia Konstantego, został aresztowany w Młynowie i osadzony w więzieniu w Petersburgu. Z powodu braku poważniejszych zarzutów zwolniony, przez rok miał jeszcze przebywać w Żytomierzu pod nadzorem policji. Po upadku Powstania Listopadowego zamieszkał w Młynowie. W swoich wsiach zakładał szkoły, w których nauczano języka polskiego, rosyjskiego, arytmetyki, nauki moralnej i katechizmu. W 1830 roku ufundował cerkiew w Młynowie, aby uchronić przed likwidacją miejscowy kościół.

Był, obok Jędrzeja Śniadeckiego, pionierem chemii na ziemiach polskich. Opracował siedmiotomowy podręcznik chemii. W 1837 ukazała się jego "Rozprawa o ciężarze światła (...)".

Zmarł w Młynowie 24 stycznia 1838. Został pochowany w miejscowym kościele.