Więźniarki pracowały ponad siły m.in. kopiąc rowy, oczyszczając pnie z gałęzi, by przygotować je do wywozu z lasu, lub pogłębiając koryto Wisły i pobliskie stawy rybne. W wyniku pracy ponad siły i okrutnego traktowania przez funkcyjne wiele więźniarek zmarło. W drugiej połowie sierpnia 1942 r. 137 Polek, które przeżyły, Niemcy przenieśli do obozu żeńskiego w Birkenau.
W pierwszych dniach października 1942 r. doszło do masakry francuskich Żydówek. Śledztwo prowadzone przez władze obozu nie dało odpowiedzi na pytanie o przyczyny zajścia. Komendant KL Auschwitz Rudolf Hoess określił wydarzenia, jako "rewoltę, wywołaną przez więźniarki, które przy pomocy kamieni i drągów próbowały sterroryzować kapo i wydostać się z obozu".
Inaczej wydarzenia wspominał esesman Pery Broad. Podawał, że jedna z Niemek - prostytutka Elfriede Schmidt, miała rzekomo dostrzec kamień w ręku Żydówki wracającej z toalety do sypialni. Niemka wezwała na pomoc wartowników z SS twierdząc, że więźniarka ją pobiła. Broad sugerował, że powodem alarmu była próba spotkania się z mężczyzną, który był wartownikiem. Powstałe zamieszanie miało to ułatwić. Po alarmie dozorczynie i wartownicy rozpoczęli rzeź: drągami, siekierami, kolbami karabinów i wyrzucając z okna poddasza budynku zabili 90 kobiet.
Następnego dnia Niemcy zgładzili wszystkie kobiety, które przeżyły masakrę, lecz odniosły rany. Życia pozbawili także sześć funkcyjnych Niemek, które uczestniczyły w rzezi.
Z końcem marca 1943 r. karne komando kobiece zostało zlikwidowane, a więźniarki przeniesione do KL Birkenau. Kilka dni później w budynku szkoły Niemcy umieścili 200 Polek, ale formalnie były one więźniarkami obozu kobiecego Auschwitz II-Birkenau. Z biegiem czasu ich stan osobowy był systematycznie rósł. W marcu 1944 r. wynosił 455. Były to Polki i Żydówki. Niemcy utworzyli kilka komand do prac rolnych, robót leśnych, przy budowie kolejki wąskotorowej i wału przeciwpowodziowego.