Rok 1942 przyniósł nasilenie niemieckich represji wobec ludności żydowskiej w okupowanej Polsce. W marcu rozpoczęto akcję „Reinhardt”, której celem była jej całkowita eksterminacja. Tylko w murach getta warszawskiego Niemcy stłoczyli ponad pół miliona osób. W ciągu dwóch lat jego istnienia z powodu głodu, zimna i niemieckich zbrodni zginęło około 100 tysięcy jego mieszkańców. Od października 1941 r. za pomoc udzielaną Żydom groziła kara śmierci. „Żydzi, którzy bez upoważnienia opuszczają wyznaczoną im dzielnicę, podlegają karze śmierci. Tej samej karze podlegają osoby, które takim Żydom świadomie dają kryjówkę. Podżegacze i pomocnicy podlegają tej samej karze jak sprawca, czyn usiłowany karany będzie jak czyn dokonany” – głosiło rozporządzenie gubernatora Hansa Franka.

Spontanicznie udzielaną pomoc utrudniał nie tylko strach przed terrorem okupantów, ale również brak związków pomiędzy większością społeczności żydowskiej, a pozostałymi Polakami. „Żadnych szans na pomoc nie mieli ludzie, którzy nie dysponowali żadnymi znajomościami w środowisku polskim. Ludzie tacy, jak bohaterowie książek Izaaka Bashevisa Singera, którzy żyli wydzielonym życiem, rodzili się między Żydami, chodzili do szkoły tylko z Żydami, mówili między sobą w jidysz, pracowali między sobą, umierali między sobą, i potrafili przez całe życie nie rozmawiać nigdy z zaprzyjaźnionym chrześcijaninem, w ogóle nie mieli takich kontaktów. Taka zamknięta we własnym świecie egzystencja była częściowo ich własną decyzją. W warunkach, które powstały pod niemiecką okupacją, taki kompletny brak kontaktu z Polakami był początkiem katastrofy” – napisał jeden z działaczy „Żegoty” Władysław Bartoszewski w monografii „Ten jest z ojczyzny mojej. Polacy z pomocą Żydom 1939–1945”.

Jednocześnie Polskie Państwo Podziemne ostrzegało, że jakiekolwiek działania wymierzone w ludność żydowską i współpraca z okupantem niemieckim będą traktowane jak zdrada. „Czynniki miarodajne w kraju stwierdzają, że takie zbrodnie i występki są rejestrowane i we właściwym czasie pociągną odpowiednie konsekwencje prawne. Winni pociągnięci będą do odpowiedzialności celem wymiaru należnej kary, a patriotyczny ogół, wierny swojej ojczyźnie, swemu narodowi, swemu państwu, otrzyma tym samym niezbędną satysfakcję moralną” – podkreślano na łamach „Biuletynu Informacyjnego” z jesieni 1941 r.

Zinstytucjonalizowaną, tajną pomoc żydowskim współobywatelom nieśli m.in. mający dostęp do gett pracownicy władz miejskich. „Razem z Ireną Schultz nosiłyśmy do getta żywność, odzież, lekarstwa i pieniądze. Wszystko to oczywiście wydostawałyśmy z Wydziału Opieki Społecznej na podstawie fałszywych dokumentów” – wspominała Irena Sendlerowa.

Między innymi dzięki ludziom posiadającym przepustki do gett polska opinia publiczna otrzymywała informacje o coraz bardziej dramatycznej sytuacji „za murami” i deportacjach. 22 lipca 1942 r. Niemcy rozpoczęli akcję wysiedlenia ludności żydowskiej z getta w Warszawie. Żydzi trafiali na bocznicę kolejową, tzw. Umschlagplatz, przy ul. Stawki. Stamtąd wywożono ich do niemieckiego obozu zagłady Treblinka II. Większość z ponad 250 tys. osób deportowanych zginęła. Na masowe zbrodnie zareagowała między innymi wybitna pisarka Zofia Kossak-Szczucka, która w odezwie „Protest” opublikowanej w formie ulotki 11 sierpnia 1942 r. pisała: „Wobec zbrodni nie wolno pozostawać biernym. Kto milczy w obliczu mordu – staje się wspólnikiem mordercy. Kto nie potępia – ten przyzwala”. Kossak-Szczucka już od końca 1941 r. nawiązywała kontakty z innymi działaczami konspiracyjnymi, głównie prawicowego Frontu Odrodzenia Polski, udzielającymi pomocy Żydom. Ich efektem było organizowanie mieszkań i kryjówek dla uciekinierów z gett. Trudno dokładnie zrekonstruować narodziny pomysłu powołania „Żegoty”.

Według Teresy Prekarowej, autorki monografii „Konspiracyjna Rada Pomocy Żydom w Warszawie 1942–1945” oraz m.in. Władysława Bartoszewskiego, główną inicjatorką powołania „Żegoty” była Zofia Kossak-Szczucka. Ważną rolę w tworzeniu tej struktury odegrała także Wanda Krahelska, weteranka walki o niepodległość. Sama Kossak-Szczucka wspominała, że latem 1942 r. spotkała się z szefem Departamentu Spraw Wewnętrznych Delegatury Rządu RP w Londynie na Kraj Leopoldem Rutkowskim „Trojanowskim”, który stwierdził: „Pieniądze dam, a wy ratujcie Żydów. Proszę o plan jak najprędzej”. Nową organizację nazywano początkowo Komisją Pomocy Społecznej dla Ludności Żydowskiej lub Społecznym Komitetem Pomocy Ludności Żydowskiej. Dla celów konspiracyjnych określano ją Komitetem im. Konrada Żegoty, a autorką kryptonimu Żegota, inspirowanego postacią z „Dziadów” Adama Mickiewicza, była właśnie Zofia Kossak-Szczucka. Żegota był postacią fikcyjną, której nazwisko miało dezinformować Niemców co do celów tej organizacji.

W październiku 1942 r. na łamach podziemnej „Rzeczypospolitej Polskiej” informowano o powstaniu organizacji: „Proszeni jesteśmy o podanie do wiadomości publicznej, iż na skutek inicjatywy szeregu organizacji społecznych z kół katolickich i demokratycznych organizuje się Komisja Pomocy Społecznej dla ludności żydowskiej dotkniętej skutkami bestialskiego prześladowania Żydów przez Niemców. Komisja będzie się starała w miarę możności i środków oraz możliwości, z jakimi liczyć się trzeba w okupacyjnych warunkach życia kraju, nieść pomoc ofiarom hitlerowskich gwałtów”.

Powstanie „Żegoty” okazało się przełomem w niesieniu skutecznej pomocy. W ciągu pierwszych dwóch miesięcy Komitet otoczył opieką co najmniej 180 osób, w większości dzieci. Skalę pomocy zwiększyło wsparcie finansowe ze strony Polskiego Państwa Podziemnego. „W 1942 r., kiedy zaczęły się masowe wysiedlenia, kiedy stało się jasne, że wszyscy mieszkańcy getta są skazani na zagładę, wyłoniły się nowe zadania – wyprowadzić jak najwięcej Żydów, a przede wszystkim dzieci żydowskie, poza mury getta. Nasze możliwości finansowe coraz bardziej się kurczyły i zapewne nie bylibyśmy w stanie kontynuować tej działalności gdyby nie fakt, że w owym czasie powstała Rada Pomocy Żydom” – wspominała Irena Sendlerowa. Podkreślała, także, iż „Żegota” „znalazła w nas poważny punkt oparcia, większą grupę ofiarnych, wypróbowanych w tej działalności ludzi, z szeroko rozgałęzioną siatką kontaktów w getcie i po `aryjskiej` stronie”.

4 grudnia 1942 r. Tymczasowy Komitet Pomocy Żydom został przekształcony w Radę Pomocy Żydom „Żegota” i odtąd działała jako agenda Delegatury Rządu na Kraj. Szacuje się, że w latach 1942-1945 „Żegota” udzieliła wsparcia materialnego blisko 4 tys. osób i zorganizowała legalne dokumenty tożsamości dla ok. 50 tys. oraz mieszkania i kryjówki dla uciekinierów z gett. Ponadto zapewniała im opiekę medyczną i pomoc materialną.

We wrześniu 1943 r. Zofia Kossak-Szczucka została aresztowana przez gestapo, a kilka dni później wywieziono ją do Auschwitz. W tym samym roku Niemcy aresztowali jej syna, Tadeusza, który zmarł w tym samym obozie. W kwietniu 1944 r. przewieziono ją do więzienia na Pawiaku, skąd została uwolniona dzięki staraniom konspiracji kilka dni przed wybuchem Powstania Warszawskiego.

Po wojnie pisarka mieszkała w Wielkiej Brytanii. Do Polski powróciła w 1957 r. i osiadła w Górkach Wielkich na Śląsku Cieszyńskim. Ostatnie lata życia zamieszkiwała w domku ogrodnika na terenie dawnego dworu Kossaków. Zmarła 9 kwietnia 1968 r. w Bielsku-Białej.

18 czerwca 1980 r. Alexander Artman (wł. Moryc Gelber), który podczas okupacji używał nazwiska Aleksander Artymowicz, złożył w Instytucie Jad Waszem w Jerozolimie zeznanie, że przeżył niemiecką okupację dzięki pomocy Zofii Kossak-Szczuckiej. W trakcie okupacji ukrywał się w jej mieszkaniu przy ul. Noakowskiego 12 w Warszawie. 13 września 1982 r. Jad Waszem przyznał pośmiertnie Kossak-Szczuckiej medal Sprawiedliwej wśród Narodów Świata.

Niemal dwie dekady wcześniej swoją relację o „Żegocie” złożył w Jad Waszem Władysław Bartoszewski. W 1963 r. w dwóch kilkugodzinnych relacjach o ratowaniu Żydów w czasie Holokaustu, działacz „Żegoty” wyjawił szczegóły związane z jej konspiracyjnymi strukturami, podejmowanymi przez nią działaniami, a także ludźmi, którzy ją współtworzyli. W Alei Sprawiedliwych wśród Narodów Świata Instytutu Jad Waszem Bartoszewski zasadził drzewko oliwne upamiętniające członków „Żegoty”.

Swojego drzewka nie ma w Jerozolimie Leopold Rutkowski, który wyraził zgodę na wsparcie „Żegoty” ze środków skarbu Polskiego Państwa Podziemnego. 13 kwietnia 1945 r. został aresztowany w Krakowie przez NKWD i wywieziony do Moskwy, gdzie na Łubiance był przesłuchiwany w związku z procesem szesnastu przywódców Polskiego Państwa Podziemnego. Na rzecz jego uwolnienia interweniował wicepremier Stanisław Mikołajczyk. Do Polski wrócił jesienią 1945 r. Natychmiast został skazany na 2 lata więzienia i osadzony w więzieniu w Rawiczu. 15 czerwca 1949 r. w Bydgoszczy został ponownie aresztowany. Zamordowano go w trakcie przesłuchań w więzieniu mokotowskim we wrześniu 1949 r. Jego szczątki ukryto na powązkowskiej „Łączce”. Dzięki działaniom rodziny został ekshumowany i spoczął w grobie rodzinnym na Powązkach.