Spontanicznie udzielaną pomoc utrudniał nie tylko strach przed terrorem okupantów, ale również brak związków pomiędzy większością społeczności żydowskiej, a pozostałymi Polakami. „Żadnych szans na pomoc nie mieli ludzie, którzy nie dysponowali żadnymi znajomościami w środowisku polskim. Ludzie tacy, jak bohaterowie książek Izaaka Bashevisa Singera, którzy żyli wydzielonym życiem, rodzili się między Żydami, chodzili do szkoły tylko z Żydami, mówili między sobą w jidysz, pracowali między sobą, umierali między sobą, i potrafili przez całe życie nie rozmawiać nigdy z zaprzyjaźnionym chrześcijaninem, w ogóle nie mieli takich kontaktów. Taka zamknięta we własnym świecie egzystencja była częściowo ich własną decyzją. W warunkach, które powstały pod niemiecką okupacją, taki kompletny brak kontaktu z Polakami był początkiem katastrofy” – napisał jeden z działaczy „Żegoty” Władysław Bartoszewski w monografii „Ten jest z ojczyzny mojej. Polacy z pomocą Żydom 1939–1945”.
Jednocześnie Polskie Państwo Podziemne ostrzegało, że jakiekolwiek działania wymierzone w ludność żydowską i współpraca z okupantem niemieckim będą traktowane jak zdrada. „Czynniki miarodajne w kraju stwierdzają, że takie zbrodnie i występki są rejestrowane i we właściwym czasie pociągną odpowiednie konsekwencje prawne. Winni pociągnięci będą do odpowiedzialności celem wymiaru należnej kary, a patriotyczny ogół, wierny swojej ojczyźnie, swemu narodowi, swemu państwu, otrzyma tym samym niezbędną satysfakcję moralną” – podkreślano na łamach „Biuletynu Informacyjnego” z jesieni 1941 r.
Zinstytucjonalizowaną, tajną pomoc żydowskim współobywatelom nieśli m.in. mający dostęp do gett pracownicy władz miejskich. „Razem z Ireną Schultz nosiłyśmy do getta żywność, odzież, lekarstwa i pieniądze. Wszystko to oczywiście wydostawałyśmy z Wydziału Opieki Społecznej na podstawie fałszywych dokumentów” – wspominała Irena Sendlerowa.