Franciszek Faber urodził się 3 października 1497 roku w Otmuchowie niedaleko Nysy. Jego ojciec prawdopodobnie był kowalem o nazwisku Koeckritz, ale Franciszek używał nazwiska Faber odnoszącego się do zawodu ojca, bo Faber to po łacinie kowal.
Jako dziecko Franciszek Faber uczył się najpierw w Nysie a następnie we Wrocławiu, gdzie jego nauczycielem był pochodzący z Nowego Targu słynny jezuita Wawrzyniec Korwin, który wywarł duży wpływ na całe dalsze życie Franciszka Fabera.
23-letni Franciszek Faber dzięki finansowemu wsparciu znanego magnata śląsko-czeskiego Władysława Borkowicza, rozpoczął w roku 1520 studia na Akademii Krakowskiej, a po jej ukończeniu już jako znany tworzący po łacinie poeta, kontynuował studia na Akademii w Lipsku.
Tam przyjął naukę Marcina Lutra i zasłynął jako obrońca luteranizmu oraz wydawca satyrycznego pisemka pt. „Sylva de incendio Lutheranorum librorum” – co można tłumaczyć jako „płomienie luterańskich książek”. W Lipsku też opublikował swój pierwszy poemat zatytułowany „Sylva cui titulus Bohemia” czyli „gąszcz czeskich praw”. Utwór ten był wymierzony przeciwko czeskim ruchom husyckim.
Działalność literacka i jej zaangażowanie w dyskurs teologiczny ściągnęły na Franciszka Fabera gniew władz i w roku 1526 zagrożony aresztowaniem uciekł z Lipska na Śląsk. Tu znalazł zatrudnienie jako pisarz ławniczy w Świdnicy, a od roku 1535 objął funkcję pisarza miejskiego. W roku 1542 przeniósł się do Wrocławia, gdzie również pracował jako pisarz miejski.
W tym okresie sporządził szereg inwentarzy przywilejów i ksiąg miejskich oraz kronik miasta Wrocławia. Jego najbardziej znanym dziełem historycznym jest kronika „Ońgines Wratislavienses”, której rękopis uzupełniany był przez jego następców i stał się jednym z ważnych źródeł w badaniach dziejów Śląska.
Nie zaprzestał także działalności literackiej. We Wrocławiu zaprzyjaźnił się z geografem Marcinem Helwigiem z Nysy i za jego inspiracją napisał „Idyllę o rzeczach śląskich” a następnie poemat literacki „Góra Sobótka i Śląsk”, w którym dał opis ówczesnej przyrody, historii i geografii regionu.
Franciszek Faber zmarł we Wrocławiu 19 listopada 1565 r.